N²SFは、各級機関が樹立したセキュリティ対策の妥当性を機関自ら評価し調整する段階を含んでいるため、この段階でN²SFの段階別主要活動の問題点や不備事項などを確認し、セキュリティ性検討の依頼前に是正する機会が与えられる。

これがまさにN²SFの5つの段階のうち最後である「妥当性評価・調整」段階であり、機関が独自の審議委員会（セキュリティ担当者、コンサルティング専門企業、専門家など）を構成して活動することになる。

ガイドラインによると、これ以上調整が必要な事項が発見されなくなるまで、評価・調整を繰り返し実行することになる。

万が一、調整が必要であるにもかかわらず、これを把握できずに機関が評価結果を承認してセキュリティ性検討を依頼した場合、その後のセキュリティ性検討で指摘事項が発生し、より複雑な手順を伴う調整を経る可能性が高くなる。

したがって、➊業務情報と情報システムに対するC/S/O等級の分類が正しいか、➋脅威モデリング手法の適用は正しいか、➌実際に発生し得る脅威を正しく識別したか、➍識別された各脅威を緩和(Mitigate)/除去(Remove)/回避(Avoid)/転嫁(Transfer)するためのセキュリティ対策は正しく適用されたか、➎セキュリティ管理項目の選択は適切か、➏セキュリティ管理項目の実装計画は適切かなどを、機関が独自に評価できなければならない。

 機関が独自にこのための能力を備えるには、N²SFに対する技術的な専門性を持つコンサルティング専門企業をN²SFのすべての段階に参加させ、機関のセキュリティ担当者と共同でN²SFの主要活動を遂行できるようにすることが望ましい。